Blaž Vrtačnik se je z veterinarsko stroko prvič podrobneje srečal med šolanjem za veterinarskega tehnika na Srednji agroživilski šoli (danes BIC Ljubljana). Med študijem na Veterinarski fakulteti Univerze v Ljubljani se je izpopolnjeval na univerzitetni Kliniki za kirurgijo in male živali (danes Klinika za male živali — KMŽ), bil je prostovoljec pri skupini TNR team Slovenia, obvezno prakso pa je opravljal v Šolski veterinarski ambulanti (ŠVA). Septembra 2016 je pridobil naziv doktor veterinarske medicine, konec istega leta pa se je zaposlil v ŠVA ter na Gimnaziji in veterinarski šoli (BIC Ljubljana), kjer je zaposlen kot veterinar praktik in poučuje dijake, vpisane na program Veterinarski tehnik. Od julija 2018 je zunanji sodelavec dežurne službe KMŽ.
Je tudi soustanovitelj Zavoda SVSP, ki prostovoljno sterilizira in kastrira potepuške pse in mačke na Balkanu in v drugih evropskih državah, v katere omenjeni zavod na praktično delo povabi tudi dijake, študente in veterinarje.
Pri svojem delu se najraje ukvarja z malimi živalmi. Izpopolnjuje se na področju najrazličnejših diagnostičnih metodologij, zanimajo ga tudi kirurgija, ortopedija, anestezija in urgentna pomoč. Redno se udeležuje izobraževanj na temo veterinarske medicine malih živali.